Dobar dio druge sezone Gothama fokusiran je na Jeromea Velasca (Cameron Monaghan), djeteta s crvenom kosom i promuklim smijehom, za koji su mnogi gledatelji mislili da će postati Joker. Na scenu je izašao u 1. sezoni, optužen za ubojstvo svoje majke i zatvor u zatvor u Arkham Azilu, ali pušten je zajedno s nekolicinom drugih zatvorenika Theo Galavanom (James Frain).
Ipak, dok kriminalistički majstor Theo i njegova sestra Tabitha polako preuzimaju Gotham City, novi šef zločina Oswald Cobblepot aka Pingvin (Robin Lord Taylor) sumnjivo je odsutan. Lagano je ležao, ali Cobblepot se sada s osvetom vraća u show. U prošlotjednoj epizodi Theo je pogriješio otmicu Cobblepotove majke i ucjenjujući Cobblepot kako bi se mogao kandidirati za gradonačelnika. I kao rezultat toga, Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), novi kapetan GCPD-a, postavio je svoju novu udarnu silu na Pingvina.
Novi isječak (gore) iz epizode sljedećeg ponedjeljka, pod nazivom "Scarification", sadrži novu udarnu silu koja dira u jednu od operacija Penguina i dočekuje ga raketnim bacačem. Ovo je očito novo za kapetana Barnesa, koji je stvarno iznenađen naprednim naoružanjem, ostavljajući Harveyja Bullocka (Donal Logue) da jednostavno odgovori: "Dobrodošli u Gotham, kapetane."
Kapetan Barnes pokazao se zanimljivim novim dodavanjem Gothamu jer ne igra po gradskim pravilima. Zatim pristaje udariti u Merc, za kojeg James Gordon (Ben McKenzie) kaže da prodaje većinu teškog oružja u gradu, iako su dosad ostali netaknuti plativši pola gradskog vijeća. Vjerojatno je sigurno reći da Pingvin neće biti sretan što Gordon otkriva tu sitnicu.
Naravno, dok kapetan Barnes nastavlja borbu protiv kriminala u Gotham Cityju, Galavan i Pingvin morat će nadoknaditi svoje vlastite operacije. Njih dvoje će udružiti snage u ovotjednoj epizodi s još jednom iz Gothamove opasne obitelji, a rivalstvo između Waynesa i Galavanaca koje ponovno izlaze tako će Gordonove ruke biti pune.
Pitanja će se očito pogoršati svima u Gotham Cityju, utvarajući put Bruceu Wayneu da na kraju postane Batman. Novo primirje Galavana i Penguina samo je privremeno jer gospođa Cobblepot još uvijek je zatvorena. Gomila novih negativaca je u porastu, uključujući Edwarda Nygma, koji je otkucavanje bombe koja čeka da se dogodi. I kako kapetan Barnes vrši sve veći pritisak na kriminal u Gothamu, zlikovci će se sve više odbijati.
Gotham se vraća sa "Scarification" sljedećeg ponedjeljka u 20:00 na FOX.